SMA Muhammadiyah 1 Jakarta didirikan pada tahun 1947 oleh Pimpinan Muhammadiyah Cabang Jakarta yang kini berubah menjadi Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Pimpinan Cabang Muhammadiyah.

Sejak berdiri hingga saat ini telah mengalami pergantian Kepala Sekolah sebanyak 16 kali pergantian Kepala Sekolah, yaitu :

1. Bapak Asnawi
2. Bapak  Sumarto
3. Bapak Drs Sulaiman Suryanto
4. Bapak Suroto Kartosudarmo
5. Bapak Burhanuddin Mubarad
6. Bapak Drs Munir Kimin
7. Bapak Drs Rais Muhtar
8. Bapak Dr Ismet Rusroh
9. Bapak M.Djafar AR, SH
10. Bapak Abdul Muluk T, SH
11. Bapak Kazman Fauzi
12. Bapak Farizal San MM
13. Bapak Fikri . Drs
14. Ibu Hj Sri Rahmiasih, S.pd
15. Ibu Drs Siti Mursidah
16. Bapak Abdul Muis,S.Kom, M.Pd